Voor het eerst in de Advance Wars-serie kan je bevelhebber (CO) direct deelnemen aan de strijd. Het is gemakkelijk om vanuit het hoofdkwartier strategische beslissingen te nemen, maar een ware bevelhebber weet ook op het slagveld bewondering af te dwingen.

Als een eenheid is geplaatst op je hoofdkwartier of een bijbehorende fabriek, luchthaven of scheepshaven, kun je ervoor kiezen je CO aan deze eenheid toe te voegen. Deze CO-eenheid wordt dan omgeven door een CO-zone. De eenheden binnen deze zone worden door de CO positief beïnvloed, bijvoorbeeld door een toename van hun vuurkracht of verdedigende kracht. Het formaat van de zone is afhankelijk van de CO die je gebruikt, maar meestal gaat het om twee of drie velden rondom de CO-eenheid.

Elke keer dat een eenheid binnen de zone een vijandelijke eenheid schade toebrengt, wordt door het gestegen moraal je CO-meter een beetje gevuld. Als de CO-meter halfvol is, wordt de CO-zone met één veld uitgebreid. Als de meter helemaal is volgelopen, kun je een speciale CO-kracht gebruiken die ook je troepen buiten de CO-zone beïnvloedt.

Deze CO-krachten vergroten bijvoorbeeld de mobiliteit, vuurkracht en het bereik van je eenheden, of vullen de energiepunten van eenheden aan.

Als je CO-eenheid wordt vernietigd loopt de CO-meter leeg, maar kun je je CO wel aan een nieuwe eenheid toevoegen om het proces opnieuw te beginnen.