•In het oorspronkelijke 'Mario vs. Donkey Kong' probeerde Mario alle Mini Mario's te vinden... maar deze keer moeten zij de boel redden. Spelers gebruiken de stylus en het Touch Screen om de Mini Marios door verbijsterende levels vol obstakels te leiden.

•In Mario vs. Donkey Kong 2 kunnen spelers hun eigen levels bouwen met een nieuwe 'level editor'. Als een level eenmaal is gemaakt, kunnen spelers het de hele wereld rondsturen dankzij Nintendo Wi-Fi Connection. Spelers kunnen de Nintendo Wi-Fi Connection ook gebruiken om levels te downloaden die door anderen zijn gemaakt, de player-rating te bekijken en toegang te krijgen tot speciale bonussen. Puzzelfans zullen deze unieke elementen beslist geweldig vinden.

•Pauline is terug! Pauline verscheen in het oorspronkelijke Donkey Kong als de vrouw die Mario probeerde te redden, en was een van de eerste herkenbare personages die Nintendo maakte. Na een afwezigheid van tientallen jaren komt Pauline eindelijk terug in de wereld van de videogames, in Mario vs. Donkey Kong 2. Pauline is het onderwerp van Donkey Kong's misplaatste genegenheid, dus moeten DS-spelers haar weer redden.

Het verhaal: mensen blijken dol te zijn op dat Mini Mario-speelgoed. Zo dol zelfs, dat de Mario Toy Company het assortiment heeft uitgebreid met Mini Donkey Kong, Mini Toad en Mini Peach figuurtjes. Met al dit speelgoed verdient Mario meer geld dan hij kan uitgeven, dus hij besluit zijn levenslange droom te vervullen en een pretpark te openen met de naam Super Mini Mario World.

Op de dag van de opening is ook Pauline aanwezig, en Donkey Kong, die direct weer hals over kop verliefd wordt op dat mooie meisje. De trotse aap probeert op te scheppen met zijn Mini DK maar Pauline geeft de voorkeur aan een Mini Mario, en de jaloerse Donkey Kong wordt razend. Hij vernietigt het speelgoed en neemt Pauline mee naar de bovenste verdieping van het pretpark. Spelers moeten Pauline vinden en het park redden.