Diep onder de oppervlakte van de planeet bevindt zich een compleet andere wereld, die door Olimar en Louie ontdekt kan worden. Tijdens je dagelijkse zoektocht naar kostbaarheden zul je gaten in de grond tegenkomen, die toegang geven tot nieuwe ondergrondse gebieden, boordevol nieuwe uitdagingen.

Voordat je ondergronds gaat om de grotten te verkennen, krijg je in het kort te zien wat je zoal kunt tegenkomen. Afhankelijk van de gevaren die je te wachten staan, zul je het Pikmin-verkenningsteam moeten samenstellen.

Hoe het team er ook uitziet, je kunt alleen maar hopen dat ze het karwei kunnen klaren. Want als je de grot eenmaal bent binnengegaan, kun je de Onions niet langer gebruiken om je troepen aan te vullen, zoals je dat aan de oppervlakte wel kunt.

Hoewel het gevaarlijk klinkt, is de beloning alle risico's waard. Grotten zijn vaak rijk aan schatten en Candypop-bloemen, die je nodig hebt om paarse en witte Pikmin te creëren. Diep in de grotten leven eindbazen die in het bezit zijn van speciale voorwerpen waarmee Olimar en Louie hun vaardigheden kunnen uitbreiden.