Bij Olimars eerste stappen op de planeet komt hij een vreemde bol tegen, die lijkt op een ui, thuis op Hocotate. Deze 'ui' spuwt een zaadje in de lucht, dat een rode gloed uitstraalt. Olimar trekt het uit de grond en ontdekt een schepsel dat hij 'Pikmin' noemt.
Pikmin zijn van alles voor Olimar: sloopdeskundigen, werklui, krijgers. Ze doen alles wat hij ze opdraagt en laten zich zelfs door hem in de lucht gooien. Meer Pikmin creëert hij door brandstof in de vorm van wezens en tabletten naar de ui te brengen. Op de planeet zijn er drie soorten Pikmin, ieder uniek, ieder loyaal aan hun kapitein.
