Er zijn tal van manieren om met de verschillende Nintendo 3DS-systemen te spelen. Behalve de besturing met knoppen, kunnen games ook gespeeld worden door met de stylus het scherm aan te raken of erover te slepen, of het systeem zelfs te kantelen. De ingebouwde camera's kunnen worden gebruikt om beelden uit de echte wereld te verwerken in games. Bovendien kan het blazen of spreken in de microfoon van invloed zijn op het spel.

De New Nintendo 3DS en New Nintendo 3DS XL bieden extra besturingsmogelijkheden. Deze systemen hebben extra schouderknoppen, ZL- en ZR-knoppen en een C-stick voor extra besturingsmogelijkheden. Mogelijkheden die spelers voorheen alleen konden gebruiken met de aparte draaiknop Pro of de draaiknop Pro XL, zijn nu in deze systemen geïntegreerd.