In zijn meest geweldige Game Boy™-avontuur ooit neemt Mario het op tegen zijn boosaardige rivaal Wario, die Mario Land veroverd heeft om het vervolgens in zijn persoonlijke pretpark te veranderen.

Om Wario van zijn oneerlijk verkregen troon te stoten, moet Mario gloednieuwe werelden doorzoeken om de zes gouden muntjes te vinden die de poort tot Mario’s kasteel openen. Een menigte monsters, zowel bekend als nieuw, zijn van plan om daar een stokje voor te steken. Op zijn weg door de 6 gebieden kan Mario krachtpaddenstoelen, supersterren en vuurbloemen oppikken voor extra kracht, en indien hij de magische wortel opeet, zal hij in een hoogvliegende haas veranderen.
Versla booswicht Wario in dit grootste Mario-avontuur ooit.